觀賞魚的真菌感染在發現比較早的初期如果加以準確的治療的話，是可以治癒的。 真菌適宜的生存溫度為15-25℃，並且在這個溫度下，3-5天就能長成密集的菌絲體。 那麼應該如何治療觀賞魚的真菌感染呢?
一、疾病初期：(治愈率：高)
只有一隻魚發病，依照正常方式，隔離治療，原缸下重鹽，每天大量換水，持續三至五天，若停藥一星期之後，沒有新的魚只發病，即可確定以控制病情。
二、疾病中期：(治愈率：3～5成)
若隔離第一隻病魚，數天之後原缸仍然出現病魚，就代表疾病已在原缸中蔓延開來。 此時可採用兩種方式。
方法一是隔離病魚，病魚缸與原缸下重藥，每日換水，將過濾綿全部更新，盡量減少細菌數量，持續兩週，若沒有新的魚只發病，即可確定控制病情，若新的病魚不斷出現，則使用方法二。
方法二是逆向操作。 將外表健康的魚移至新缸，如果可能最好是一隻一缸。 健康的魚以黃藥和重鹽藥浴三至五天，停藥後一星期沒發病即是沒有被傳染的危險，若發病則移至病魚缸。 病魚缸採用輕量藥劑長期治療，並輔以每天100%換水，兩天餵一次，餵完之後馬上換水。 持續此步驟直到缸中的魚症狀消失回復活力，或是持續到魚全部掛光為止。
若是對病魚缸中的魚已經放棄希望，可以考慮使用福馬林或過猛酸甲等強力藥物，並以短時間藥浴的方式治療一次至兩次，若能僥倖存活，通常也可算治療成功(但通常是有後遺症，而且也活不長)。
若仍然不幸倒缸，切記先將所有設備用熱水燙過，重新養水，在放入新的魚只，以免重蹈覆轍。
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